①通行元气。三焦通行元气之说，首见于《难经》。如三十一难说：“三焦者，水谷之道路，气之所终始也。”三十八难说：“所以腑有六者，谓三焦也，有原气之别使，主持诸气。”六十六难说：“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历五脏六腑。”原文明确地说明三焦是人体元气(原气)升降出入的道路，人体元气是通过三焦而到达五脏六腑和全身各处的。

　　元气，为人体最根本的气，是生命活动的原动力。元气根于肾，通过三焦别入十二经脉而达于五脏六腑，故称三焦为元气之别使。《中藏经·论三焦虚实寒热生死逆顺脉证之法》对三焦通行元气的生理作用作了更为具体地描述：“三焦者，人之三元之气也，号曰中清之府，总领五脏六腑、营卫、经络、内外、左右、上下之气也。三焦通，则内外左右上下皆通也，其于周身灌体，和内调外，营左养右，导上宣下，莫大于此也。”因为三焦通行元气于全身，是人体之气升降出入的通道，亦是气化的场所，故称三焦有主持诸气，总司全身气机和气化的功能。如果元气虚弱，三焦通道运行不畅或衰退，就会导致全身或某此部位的气虚现象。

 
　　②运行水谷。《素问·金匮真言论》称三焦为六腑之一，《素问·五藏别论》称三焦为传化之府，其具有传化水谷的功能。《素问·六节藏象论》说：“三焦……仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也。”指出三焦具有对水谷的精微变化为营气，以及传化糟粕的作用。《难经》明确提出三焦的运行水谷作用，如三十一难说：“三焦者，水谷之道路，气之所终始也。上焦者，在心下，下膈，在胃上口，主内而不出。……中焦者，在胃中脘，不上不下，主腐熟水谷。……下焦者，当膀胱上口，主分别清浊，主出而不内。”水谷在人体运行道路及气之所终始，包括饮食物的消化、精微物质的吸收、糟粕的排泄全部过程，用“三焦者，水谷之道路”来概括。并根据上、中、下三焦所处部位不同，对水谷运行过程中所起的作用也就不同，而有上焦主纳，中焦主腐熟，下焦主分别清浊、主出的具体描述。这是以三焦运行水谷来概括饮食物的消化、吸收及排泄的功能。

　　③运行水液。三焦为人体水液运行的主要通道，这在《内经》中有多处论述，如《素问·灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”《灵枢·本输》说：“三焦者，中渎之腑，水道出焉，属膀胱，是孤之腑也。”说明三焦是人体管理水液的器官，有疏通水道，运行水液的作用。

　　人体水液代谢是一个复杂的生理过程，是多个脏腑的一系列生理功能的综合作用。如《素问·经脉别论》说：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。”水液代谢虽由胃、脾、肺、肾、肠、膀胱等脏腑共同协作而完成，但人体水液的升降出入，周身环流，则必须以三焦为通道才能实现。因此，三焦水道的通利与否，不仅影响到水液运行的迟速，而且也必然影响到有关脏腑对水液的输布与排泄功能。也可以说，三焦运行水液，是对脾、肺、肾等脏腑主管水液代谢作用的综合概括。